首先，我們應該將生物安全櫃放在十萬級以下的初級凈化間。每天首次操作前都需要打開紫外燈，利用紫外燈將其照射30分鐘後，將本次操作所需的全部物品移入安全櫃，避免雙臂頻繁穿過氣幕而破壞氣流；並且在移入前用75%酒精擦拭物品錶面消毒，可以去除污染。
然後，打開風機運行10分鐘，待櫃內空氣凈化且氣流穩定後，將雙臂緩緩伸入安全櫃內，靜待3分鐘後，使櫃內氣流穩定後再進行實驗。
實驗過程中， 生物安全櫃內不要放與本次實驗無關的物品，實驗所需物品應儘量精簡，並且物品應儘量靠後放置盡可能減少對氣流的影響，以免干擾氣流正常流動。
操作過程中為防止可能濺出的液滴，應準備好75%的酒精噴壺以及紙巾在液滴濺出後儘快處理，避免造成交叉感染。
在實驗操作時，不需要完全打開玻璃活動應輕柔、舒緩，防止影響櫃內氣流的穩定性。
實驗結束後，立即關閉玻璃視窗，讓風機持續運轉10分鐘以上，同時打開紫外燈，照射半小時以上。
最後，櫃內使用的物品應用75%乙醇噴灑錶面進行消毒後再取出，以防止將潛在病原殘留帶出而污染櫃外環境，造成生物危害。
