生物安全櫃主要是用於生物危害性的防護，但是生物安全櫃也極易發生污染，因此生物安全櫃的消毒工作尤為重要，有效的消毒才可以有效的保護操作人員。當其發生污染時，應當如何處理呢？
首先，使用生物安全櫃完畢後，櫃內的所有設備、物品，都應在實驗完成後進行全面去污處理並從櫃內移除，因為殘留的污染物滋生微生物。安全櫃的內錶面也應在每次使用前後進行去污處理。通常需要用能殺死櫃內可能存在的所有微生物消毒劑擦拭工作台錶面及內壁面。每天工作結束時，需要對工作台、各個側面、背面，壁面及玻璃的裡面進行全面消毒。
其次，生物安全櫃消毒一般採用消毒劑擦拭和熏蒸。常用的熏蒸消毒劑有甲醛、、二氧化氯等。其中，甲醛的成本最便宜，但是甲醛易致癌，易造成頭暈，易泄露，帶帶時間長等缺點，所以已經越來越不推薦了。
目前，乾霧蒸汽消毒滅菌技術可以代替傳統的甲醛熏蒸法。
乾霧滅菌器通過一個噴射接口與主艙體連接，已經有部分型號的安全櫃提供此接口，同時有門封板將前面的操作口進行密封。如果這兩個配置都沒有的話，可以使用一個臨時的門封板，並且已經預裝好了合適的連接接口，將其安裝在前面操作口上，通過門封上的接口將蒸汽噴入生物安全櫃內。
註意：實驗室中的生物安全櫃自使用以後，要嚴格執行維護和消毒滅菌工作，以防發生安全隱患。
