生物安全櫃領域執行的最重要的標準是歐洲標準EN12469和美國國家衛生基金會的第49號標準。按此標準可將生物安全櫃分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級。
按照美國1992年版NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染後可治愈；生物安全等級4級（P4）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染後不可治愈。
Ⅰ級生物安全櫃是指用於保護操作人員與環境安全、而不保護樣品安全的通風安全櫃。適用於對處理樣品安全性無要求且生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。因為不考慮處理樣品是否會被進入櫃內的空氣污染，故對進入櫃內的空氣潔凈度要求不高；空氣的流動為單向、非循環式，空氣流經HEPA過濾器後進入櫃內，通過工作臺面後又被過濾、經排氣口排出；為了保護操作人員安全和保護環境，其向內的非循環吸入氣流必須遠離操作者；安全櫃中的氣體在外排到大氣以前必須先經過HEPA過濾器過濾。
Ⅱ級生物安全櫃是指用於保護操作人員、處理樣品安全與環境安全的通風安全櫃，櫃內保持負壓狀態，適用於生物危險度等級為1、2、3的媒質的操作。
Ⅱ級生物安全櫃為臨床生物防護中應用最普遍的一類生物安全櫃。臨床中處理高濃度或大容量感染性材料時，以Ⅱ級生物安全櫃應用最多。按照美國NSF49標準，一般將Ⅱ級生物安全櫃劃分為A1、A2、B1、B2四個類型。
Ⅲ級生物安全櫃是完全密閉、不漏氣結構的通風安全櫃，適用於生物危險度等級為1、2、3和4的媒質的操作。工作空間內為經HEPA過濾器凈化的無渦流的單向流空氣。進入氣流經數個HEPA過濾器過濾後送入安全櫃，排出氣流應經雙層HEPA過濾器過濾或通過HEPA過濾器過濾和焚燒來處理。
