要弄清楚生物安全櫃和超凈工作台的區別首先要弄清楚他們的原理，生物安全櫃是一種負壓的凈化工作台，工作時會往裡面吸氣，其目的是為了避免有害物質污染實驗室，保護實驗員、受試樣品。
但是，3台是正壓工作台，工作時會把空氣吸入過濾器中，空氣經過過濾後吹出，這樣可以保護樣品，卻並不能保護實驗員。從潔凈度角度分析，生物安全櫃的潔凈度要比超凈台高，但3台操作相對簡單。
生物安全櫃的操作就有很多需要註意的地方，比如，使用之前，一定要做好個人防護，戴上手套、穿好防護服或者隔離衣，必要時還需要佩戴護目鏡。生物安全櫃內部也要避免使用酒精燈。櫃內擺放的物品要儘量呈橫向一字擺開，避免造成交叉感染，同時避免擋住背部迴風隔柵影響正常風路。 操作時緩慢移動，以免影響正常風路狀態。 櫃內儘量避免震動，如果櫃內有兩種及兩種以上物品需要移動時，應遵循低污染性物品向高污染性物品移動的原則。
