二級生物安全櫃是否可以使用明火，採用的是HEPA過濾器可以保人員，也可以保護環境樣品，典型的程序，一般會用分身燃燒器，或者是其它明火進行消毒避免，降壓感染，但是並不建議，在二級生物安全規程，使用這種明火，原因有以下幾點：
首先，二級生物安全櫃，傳遞的是鄉下層流的氣流，並且通過這種氣流來保護樣品，但是熱空氣上升，就會阻礙保護樣品的能力。
第二，如果火焰熄滅了，共其乏雀保持打開，那麼燃氣體就不受限制的引入機櫃栽安全櫃中，70%的空氣被再循環，可燃氣體的濃度有可能會達到爆炸性的潛力，大大增加了實驗室的風險。
第三，如果明火變得太熱那麼大，還具有融化粘合劑的能力，粘合劑是將過濾戒指保持在框上的，這就破壞了過濾器的有效性，導致怎樣通風系統中的安全課損失。
所以，在二級生物安全櫃中，不要使用明火，盡可能使用一次性或可回收的無菌環。
